色々試してみましたが、これはどうも仕様のようです。
トライしたモデルの構造です。
ボディBとボディEを非表示、ボディA~Bはグループに入れて全体を非表示に。
トライしたやり方その1
ブラウザトップからSTL形式で保存。
吐き出されたSTLはこんな感じに。
やり方その2
ファイルメニューからエクスポート、STL保存。
これも同じ結果です。
やり方その3。
ブラウザトップからSTL保存で構造を「ボディごとに1ファイル」に設定。
個別のSTLファイルが吐き出されますが、やはり結果は同じです。
ここまでの挙動を見る限り、ボディに対して直接表示非表示を設定しないとSTLエクスポートのコントロールはできないようです。
他にやり方があればいいのですが。。。