Hola @Anonymous, si tuviera que ponerte nota por este ejemplo, la nota no sería perfecta, porque si te soy sincero, has cometido un fallo muy importante.
Antes de continuar y explicarte, te comento que es MI OPINIÓN, cada uno tendrá una idea diferente o no, pero lo que quiero contarte es lo que pienso y veo. (Te adjunto todas las imágenes para que las veas mejor).
Empecemos, tu has mandado este 3D:

... que a la hora de hacer el agujero que indica el plano ...

... te has saltado la parte mas importante: la rosca de M12, que no aparece por ningún lado.
Lo que "leo" yo en el plano, en el detalle que remarcas: es un agujero de M12 (rosca del sistema métrico de un tamaño o diámetro 12), con un chaflán en la entrada de 1.6 de profundidad y 45º de ángulo sobre la cara, no de 45º los dos extremos, como tu lo has hecho.
Insisto, UN agujero lo puedes hacer directamente, pero cuando tengas 50, te vas a volver loco. Acostúmbrate ha crear primero un boceto en la cara donde va el agujero y después pones el punto de agujero. Cuando termines y ejecutes el comando "agujero", directamente te toma el punto o los puntos (acuérdate de esto), que hay en el boceto. Un punto = un agujero; 500 puntos = 500 agujeros, también puedes deseleccionar algunos, pero no suele ser normal. Mira un ejemplo para que entiendas lo que quiero que aprendas desde el minuto uno:
Y solo he puesto 19 puntos al azar. Continuemos.
Para que entiendas como tendría que ser la pieza, un dibujo 2D de la sección, con el chaflán:

El ø10.16 es el agujero que te hace Inventor según la configuración que esta puesta por defecto, creo que es el ø mínimo. Yo nunca lo he cambiado y lo dejo como está, ya te digo que se puede configurar con otros valores. Fíjate en lo que te digo del ángulo, así es como se interpreta, utilizas una broca de mas ø que el agujero (aquí en España les llamamos avellanadores), cuya punta esta afilada a 90º. El ø de chaflán (que es el que te pide Inventor), es 13.306
Con esto datos, editamos tu operación y hacemos lo siguiente:

A - Marcamos la opción de agujero con chaflán.
B - Seleccionamos agujero roscado.
C - Seleccionamos el tipo de rosca, Perfil métrico ISO.
D - Seleccionamos el tamaño, 12
E - Seleccionamos el paso en caso de ser especial, en este caso no, es rosca Normal.
F - Colocamos el ø13.306 qu es el que nos da el esquema que te he presentado.
G - El ángulo lo dejamos en 90º, que es el que viene por defecto.
H - Seleccionamos si es pasante, ciego (distancia) o hasta.
I - Seleccionamos si la rosca es completa o no.
Aceptamos y listo.
Te iba a poner mas imágene, pero creo que con estas son suficientes. Por favor, leete lo que te he puesto tantas veces como sean necesarias, hasta que llegues a entender lo que trato de explicarte. ¿Por qué?, porque esto mismo te lo he explicado antes y o no me llegaste a entender (que será lo mas probable), o no me has hecho ni caso 

PD: Te he puesto todas las imágenes que había preparado para que veas mas cosas. Y también te adjunto la pieza corregida.
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Un saludo.
Mecanico14
Siempre parece imposible hasta que se hace.