何と何が影響しあうのか(スケッチを共有する必要があるのか)を考えて分けていますね。
例えば、ロッドレスシリンダーでクランプシリンダーを移動させる場合、クランプシリンダーユニットとロッドレスシリンダー自体を取り付けているベースは共有するものは無いと思います。
しかし、プラレールチェーン(いわゆるケーブルベア)は両方に依存する。
なので、
1) ベースとロッドレスシリンダを描いたスケルトン。
2) 1)から派生したクランプシリンダーが乗ったテーブルのスケルトン。プラレールチェーンの移動端はここで決める。
3) 1)と2)から派生したプラレールチェーンのスケルトン。
という感じでしょうか。(実際はケースバイケースなわけですけど・・・)
ロッドレスシリンダのベースは、1)と3)を派生させてモデリング。
ロッドレスシリンダのテーブルは、2)を派生させてモデリング。
プラレールチェーンは3)を派生させてモデリング。
になります。
プログラミングにおける概念で疎結合というものがあります。機械設計でも何となく感じていると思いますが、ユニット同士は出来るだけ依存関係を弱くしていた方が良いですよね。
例えば主たるユニットAがあって、ユニットBの構成要素を各々別のブラケットでユニットAに取り付けるより、ユニットB用のベースを1枚ひいて、そのベースをユニットAに固定したほうが組み立てやすく、変更・改造がしやすい。
こればユニットAとユニットBの接点がベースという1つの部品になったから(疎結合になったから)です。
スケルトンを分ける時も(また、サブアセンブリ化する時も)同じようなことを考えていて、接点・窓口をできるだけ小さくするようにします。
逆を言えば、細くなりそうな接点部分をぎゅぅーっとしぼっていって、残りの膨らんだ部分が一塊のスケルトンだったりサブアセンブリだったりします。
3D CADうんぬんに関係なく、設計者は頭の中でこれをやってますよね。縁切りする、とも言うかな。