軽くする方法の一つにフィーチャの抑制があります。
履歴バーでフィーチャを右クリックして抑制(一時的になかったコトにする、自由に解除して復活もできる)すると、抑制したフィーチャがグレーアウトし、そのコマンドで作られた部分が一時的に無くなります。なくなった分のメモリが解放されるので軽くなります。
ネジ山のようなエッジが多くて重くなっている場合は、履歴を消してしまってもエッジが多いの重かったりしますが、ネジ山を抑制してしまえばエッジは少なくなるので描写は早くなります。最終的には抑制を解除して重い状態に戻りますが、他の部分をモデリングしたり全体の位置関係を調整するときは抑制しておくと動作が軽くなります。
データパネルでの保存形式は明確に書かれていませんが、ブラウザで確認すると「FUSIONデザイン」となっています。
拡張子が付いているCADデータは.f3d含めてCADデータと表示されるので、Fusion360のデータパネルの段階では一般的なデータ形式ではなく、サーバー上の情報だけで動いているのかもしれません。データ形式は軽く調べた感じの予想ですので他の方の情報も聞いてみてください。