Hola estimado @fernandezfz21
Gracias por enviar tu archivo. Revisando el mismo noto varias deficiencias. Aunque el total de las que he identificado no se han generado por error humano, sino porque a veces el programa no responde bien en ciertas situaciones. Para esto es necesario siempre tener instalados todos los update, service pack, etc. Pero aún así es un programa que está en constante revisión, eso realmente es bueno. Vayamos viendo algunos aspectos. En ciertos tramos tienes este tipo de problemas, donde la superficie de obra lineal no llega a cortar el terreno:

En otras progresivas no llega a formarse el área de relleno en algunos materiales:

Y los dos problemas anteriores se repiten en muchas secciones transversales. No podría decirte con precisión el porqué se ha generado el problema. Tendría que haber observado el flujo de trabajo o metodología que desarrollaste en la creación de todos los elementos, que por cierto son muchos y también te felicito porque tienes un buen dibujo. Se nota bastante orden en el dibujo y eso es bueno. Pero aún así, se requeriría de mucho tiempo para evaluar a detalle donde se pudo dar lugar a las deficiencias, y como te dije, pienso que es algo más del programa que tuyas. Este tipo de errores los he visto bastante en muchos archivos en el foro, en los cursos que doy y en archivos a nivel profesional. Pero sí te puedo decir cómo solucionarlos, al menos como acercarnos bastante a un resultado muy aceptable.
Quiero mostrarte el por qué tienes el siguiente error:

Lo que estás observando en línea rojo, la superficie de obra lineal tanto para vínculos TOP o DATUM corresponde a una interpolación. Aunque tienes intervalos de ensamblajes en menor separación que las líneas de muestreo y estos son submúltiplos por algún motivo, en la sección 209+120 se crea un problema en el cambio de ensamblajes. Quiero mostrarte y justificar lo dicho. Miremos la siguiente imagen:

Se observa que la línea característica blanca de intersección al terreno no se genera adecuadamente. Revisando esto no es por los objetivos de superficie o por alguna deficiencia en los parámetros, sino que no se tiene un código para esta intersección porque la otra línea roja no llega a formarse, este es el vínculo de talud hasta el punto de corte en terreno. Por algún motivo esta línea se está cortando en: "Daylight-Sub" y no así como el resto de ensamblajes que lo hace correctamente. Como no se genera este punto, bajo el entendimiento de que una superficie es formada por formación de triángulos, entre los puntos cercanos de "Daylight" se genera una superficie por interpolación. Esto es lo que ves en la sección transversal de la progresiva 209+120. Esto afecta en la definición de áreas de relleno y no se muestra una buena sección. Notemos lo siguiente. Mira en la siguiente secuencia de imágenes cómo no logra formarse el punto Daylight exterior:
A razón de lo anteriormente explicado se obtiene el siguiente resultado:

Para solucionar lo anterior, debemos recurrir a pequeños artificios, ya que como indiqué no pude identificar donde exactamente se produjo el error y tu archivo es demasiado amplio en elementos como para revisar uno a uno, y recalco, pienso por lo que vi, que esto pertenece más a una deficiencia del programa. Vamos a modificar los intervalos de regiones de obra lineal, ya que esto nos permitirá salir de la zona conflictiva, específicamente como ejemplo en la progresiva 209+120. Pero si podemos reducir este intervalo de región de tal manera de aproximarnos bastante, vamos a utilizar final de región 2 como 209+119.99 e inicio de región 3 como 209+120.01. De esta manera vamos a reducir el error que será despreciable en las secciones transversales:

Con la anterior modificación tenemos el siguiente resultado:

Se observa en la imagen anterior que ahora si tenemos formadas muy cercana a la progresiva 209+120 la línea daylight y el vínculo hacia el punto daylight. Bien, esto es algo aproximado, ya que si haces mucho zoom, notarás un pequeño espacio, pero este es despreciable para los resultados a obtener.
Nota como cambia la superficie en la sección transversal mencionada:

Todavía tenemos una interpolación de superficie en la progresiva, pero al menos hemos guiado a que esta interpolación se forma de una manera mucho mejor y nos vamos acercando a la forma exacta. Este proceso tendrías que realizarlo donde tienes problemas. Sin embargo, la segunda deficiencia es la que debemos corregir para que otras secciones problemáticas también mejoren, debido a que en la 209+120 se tenía una "grada" muy grande, mientras las otras son despreciables. Vamos a mejorar este segundo aspecto.
Cuando realizamos comparaciones de superficies, por lo general si las alineaciones son cortas no tenemos los problemas siguientes, donde una superficie no corta exactamente en la intersección real.

El programa no corrige esto de forma automática, sino que tenemos que forzar la formación de una superficie que evite el anterior problema, razón por la cual recurrimos a la superficies totales. En otras palabras vamos a pegar la superficie terreno a las otras superficies para que el cierre entre ambas se produzcan en algún punto con seguridad.
Vamos a crear una nueva superficie esta recibirá el nombre de DATUM+TERRENO. Es la sumatoria de la superficie terreno con la superficie que es problemática para mí, esta es la DATUM:

Añadimos esa superficie a las secciones transversales:

Hacemos exactamente el mismo proceso para la superficie TOP. Vamos a crear una nueva de nombre TOP5+TERRENO:

También la añadimos a las secciones transversales como indiqué para la superficie DATUM+TERRENO. Nuestro siguiente paso es reordenar los criterios o límites de superficies para la formación de áreas de corte y relleno. Vamos a utilizar estas superficies en vez de DATUM5 y TOP5:

El anterior paso va a arreglar las deficiencias en las intersecciones y por lo tanto se garantiza que las áreas de relleno y corte se formen. Pero más que eso, el anterior paso va a forzar que no se tenga más superficies recortadas, esto porque estas áreas eran dependientes de los puntos de intersección. Finalmente revisamos y ya no tenemos más problemas:

Espero este comentario te sea útil. Adjunto el archivo para que puedas guiarte en futuras correcciones. Los errores que reportaste han sido corregidos. Saludos cordiales.
Van Miguel M.