どうも、印刷設定で[図面のシートサイズに自動サイズ調整]を選んでいると、おかしくなるっぽい。

この条件でバグ報告をあげておきます。
で、結局のところは問題解決に至っていないわけです。
特殊な事情がないのでしたら、タスクスケジューラーを使わず印刷することを検討されてはいかがでしょうか。
今は使っていなので動く保証はありませんが、ExcelのVBAで指定フォルダーのidwをバッチ印刷するマクロをあげておきます。
(冒頭のコメント内容が、ちょっと古いね)
Option Explicit
' Inventor Viewの入っているマシンにて、
' Excelからペーパーサイズを自動設定しながら連続印刷
'
' 以下をVBAの参照設定してから使うこと
' 1) Microsoft Scripting Runtime
' 2) Autodesk Inventor's Apprentice Object Library
'
' なぜか、後者は私の環境では見つからない。
' 代わりに、Autodesk Inventor Object Libraryを使ってデバッグしたが、
' Inventor Viewだけのマシンには、入っていないはず。
Sub MyPrintAllByExcel()
Dim oFSO As FileSystemObject
Dim oFolder As Folder
Dim oFile As Scripting.File
Dim InvApp As ApprenticeServerComponent
Dim oDoc As ApprenticeServerDrawingDocument
Set InvApp = New ApprenticeServerComponent
Set oFSO = CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
Set oFolder = oFSO.GetFolder(ActiveSheet.Cells(1, 1))
For Each oFile In oFolder.Files
If UCase(oFSO.GetExtensionName(oFile.Name)) = "IDW" Then
' MsgBox oFile.Name
Set oDoc = InvApp.Open(oFile.Path)
MyPrint oDoc, ActiveSheet.Cells(2, 1)
InvApp.Close
End If
Next oFile
End Sub
Private Sub MyPrint(ddoc As ApprenticeServerDrawingDocument, strPrinterName As String)
Dim dpmgr As ApprenticeDrawingPrintManager
Set dpmgr = ddoc.PrintManager
dpmgr.AllColorsAsBlack = True
dpmgr.ScaleMode = kPrintCustomScale
dpmgr.Printer = strPrinterName
dpmgr.Orientation = kLandscapeOrientation
dpmgr.PrintRange = kPrintSheetRange
Dim sh As Sheet
Dim iSheet As Integer
iSheet = 1
For Each sh In ddoc.Sheets
If sh.ExcludeFromPrinting = False Then
dpmgr.SetSheetRange iSheet, iSheet
If sh.Size = kA4DrawingSheetSize Then
dpmgr.PaperSize = kPaperSizeA4
dpmgr.[Scale] = 1
ElseIf sh.Size = kA3DrawingSheetSize Then
dpmgr.PaperSize = kPaperSizeA3
dpmgr.[Scale] = 1
ElseIf sh.Size = kA2DrawingSheetSize Then
dpmgr.PaperSize = kPaperSizeA3
dpmgr.[Scale] = 0.7071
ElseIf sh.Size = kA1DrawingSheetSize Then
dpmgr.PaperSize = kPaperSizeA3
dpmgr.[Scale] = 0.5
End If
dpmgr.SubmitPrint
End If
iSheet = iSheet + 1
Next
END_OF_MyPrint:
End Sub
セルのA1にフォルダのパス、A2にプリンタ名を入れて実行します。

上記コードでは用紙サイズA1とA2を、A3に縮小して印刷するよう設定されていますね。そこは適宜調整してください。