No me queda claro a que diferencias te refieres en cuanto dices que la planta y el 3D visto en planta se comportan diferente; pero sí, sin dudas hay algunos cambios, aunque si deseas una presentación con sombras y no una planta técnica, creo que no habría inconvenientes en usar una vista 3D. 

Si subes alguna imagen del resultado que deseas lograr con tus plantas y secciones, de manera más concisa. Pero algunas cosas que puedo sugerirte son: 

Para las secciones y elevaciones aplicaría lo mismo que en las plantas, podrías hacer un 3D con Section Box o una combinación de secciones/elevaciones superpuestas.

De todas formas, superponer vistas en una presentación de un par de plantas no es mucho, pero hacerlo en todos las vistas de un proyecto ya sería exagerado, en dado caso preferiría o apagar las sobras o dejar las sobras con el comportamiento extraño que tienen, hacer agradable las vistas es importante pero no siempre justificaría el esfuerzo y tiempo invertido (sin perder la esperanza de votar en el portal de Ideas para que esto sea solucionado).

Para lo de duplicar vistas entiendo que no hay otra opción, a no ser que decidas encender las sombras como referencia y trazar un Filled Region (ya sea con un patrón de relleno sólido transparentado con Overrides o un patrón de relleno tramado. En el primer caso utilizar el estilo de líneas <Invisible Lines> para los bordes de la región); pero nuevamente esto es trabajo de más y nada práctico, sobre todo tomando en cuenta que debes modificarlo manualmente al cambiar la posición del sol o modificar la volumetría del proyecto.

No tengo claro si con jirones de niebla te refieres a Depth Cueing, pero de ser así, está opción está disponible también para secciones. Sobre cambiar el estilo de visualización de las líneas ocultas, eso lo puedes hacer de manera general en todo el proyecto a través de Object Styles, cambiando el estilo visual de la Subcategoría Hidden Line dentro de la categoría deseada de elementos de modelo; también puede hacerse línea por línea en una vista dada, utilizando la herramienta Linework.

En caso de que con las líneas ocultas te refieras a mostrarlas, y no a cambiarle el estilo visual, hay un más de un par de maneras de hacer esto. De ello puedes ver más detalles acá.