Con la herramienta Unir/Joint debería unirse sin problemas. Seguro utilizaste  el comando Unir de manera correcta, pero que los elementos no se visualicen como Unidos porque sus planos no están alineados, de modo que aunque estén unidos se van a ver las líneas donde se interceptan. Aunque parezcan alineados, puede que entre sí hay un desface milimétrico. Trata de alinearlas con el comando AL (Alinear/Aling), una vez hagas esto de seguro que quedan bien unidas.
 

Puedes alinear los elementos o a sus líneas de boceto dentro de la edición de estos, primero tomando el plano del elemento al que deseas que se alinee el siguiente, y luego seleccionas la cara del otro elemento que se moverá para alinearse. Es posible que en cada objeto debas alinear de una a tres caras perpendiculares entre sí.

Comparto un Screencast, con lo que te menciono. Aquí exagero las "desalineaciones" para que se puedan apreciar y utilizo varios tipos de objetos para que se vea como trabajar en ellos. Eventualmente, para el tipo de elemento que estás haciendo, continúo sugiriendo los Wall Sweep con perfiles propios o un Componte mediante Model In-Place, con la categoría de Muros, en el que crees una Extrusión del rectángulo/caja completo.