Saludos, Alfredo y kamirocha.

En relación a esta pregunta, en las opciones de exportación Revit dispone de unas categorías adicionales para diferenciar algunas de las funciones de los muros durante la exportación. 

Pero, como dices, debiera reconocer el proceso para muros de proyectos vinculados.

En relación a la pregunta principal que plantea kamirocha, lo que sucede es que Revit exporta los  elementos vinculados como un bloque. Los muros quedan en capas separadas según la configuración de exportación, pero el color de los elementos vinculados no se exporta por capa (bylayer). Hay que editar el archivo en Autocad y explotar o editar el bloque generado para modificar la propiedad de color de los elementos y establecerla por capa. Si se exportó con la opción de crear referencias externas para las vistas en planos, los proyectos vinculados se exportarán como referencias externas, entonces hay que realizar las modificaciones en el archivo referenciado.