Hola,

Ante todo te recomiendo que el archivo cache NWC del modelo de Revit lo generes directamente desde el mismo Revit a través de la herramienta de exportación que se le instala a Revit, te dejo el link

Navisworks 3D Viewer Free Download | Navisworks Freedom (autodesk.com)

Luego verificá que el color se lo hayas aplicados al material de los elementos. de cualqueir manera desde Navisworks, filtrando por alguna propiedad, parámetro o nivel, podes incorporarle color a los elementos

Espero que te sirva

Saludos