Hola, ¿te has planteado asumir un pequeño margen de error para ello?
También puedes modelar la información más compleja en Rhino e importarla a Revit con Rhino inside, o incluso desde Sketchup con el exportador IFC, pero no sabría decirte si hay algo de pérdida de calidad. Si la separación no es muy llamativa podrías aceptarla, o incluso bajar la parte de la viga con un desfase mínimo para que enrase con la parte más desfavorable y simplemente se solape un poco con la parte superior.
Como otra posibilidad más ¿has intentado hacer todo con masas? así, al utilizar el mismo entorno, seguro que es más fácil adaptar todo.

Mucha suerte, un saludo!