Y si el problema no es en planta sino en alzado/ sección? Es decir, yo en planta inserto un ejemplar (ventana) que secciona el muro y lo coloco a una altura x (desfase de base) que coloca este ejemplar entre 2 niveles pero al ver en 3D o sección, ese ejemplar solo aparece seccionando el muro del nivel donde lo he insertado (en planta), el nivel superior en este caso me aparece la ventana y el muro sin seccionar solapados