Hola.

Con respecto a lo que dices, estructuralmente las vigas se deben modelar  a la cara de la columna o pilar, al igual que las losas, constructivamente debe ser asi, lo puedes determinar viendo la forma en que se colocan los encofrados, los fondos de vigas mueren en la cara de la columna.

Lo que yo recomiendo tanto para practica constructiva como para poder utilizar para cuantificaciones y simulaciones constructivas es modelar loe elementos a cara, tal como se construye y como se cuantifica, no necesitas seccionar los elementos a manos que el proyecto lo pida; te voy a dejar unas imágenes para ilustrar lo que digo, en el corte se ve la losa post-tensada modelada a cara de las columnas y sobre ella el sobre piso y en el plano de planta se ve la losa post-tensada  modelada a la cara de las vigas y a la cara de las columnas.