Tu presentimiento "casi" va bien encaminado. En Revit tenemos tres puntos para el tema de coordenadas. Los dos que indica el compañero y luego el llamado Origen.

Origen es un punto invisible y que nunca podremos mover en Revit. Cuando empezamos en un archivo nuevo, este origen invisible está en el mismo sitio que el Punto base del proyecto, y mientras muevas el punto base del proyecto con el clic puesto, ambos puntos siempre coincidirán.

El problema de este punto Origen invisible, es que Revit lo usa para muchas cosas, a pesar de no poder verlo ni modificarlo. Por ejemplo:

• Cuando insertas o vinculas un revit o un cad diciéndole Origen a Origen.
• Cuando exportas un IFC, también usa Origen-
• Cuando creas una topografía SIEMPRE usa coordenadas con respecto a este origen invisible.

Sabiendo esto tienes tres opciones para lidiar con este problema:

1. Crear la topografía en un archivo aparte, donde el Origen sea tu cota de nivel del mar o la que tu quieras como referencia.
2. Crear la topografía en el archivo actual pero cada vez que quieras modificarla, tendrás que moverla en el eje z, antes de editarla. Luego editarla, y finalmente volver a moverla a donde toca.
3. Seleccionar todos los elementos del proyecto, y moverlos (con la herramienta Mover) hasta que coincidan las cotas que tu quieres.

Mi preferida es la opción 1, tener un archivo sólo para la topografía y las plataformas.

Saludos