El origen de los dos archivos no coincide. Esta es una de las cosas que deben definirse y coordinarse en la primera reunión de un proyecto BIM, para evitar estos problemas. 

Alternativas de solución:

1) Dejar el origen del archivo estructural como está, y simplemente alienarlo con el archivo de arquitectura usando la herramienta Alinear. Una vez insertado este archivo ya permanecerá alli. Cuando se necesite actualizarlo simplemente se recargará el archivo. El inconveniente es que ya no se podrá usar Origen a Origen entre estos dos archivos.

2) "Arreglar" el archivo estructural. Esto es más dificil, sobretodo si ya está avanzado el proyecto. Habría que mover los elementos de tal manera que la posición del punto de origen sea la misma en relación con el archivo arquitectónico. Después de hacer esto se podrá seguir usando Origen a Origen para vincular no solo estos dos sino otros modelos del proyecto.