El origen de los dos archivos no coincide. Esta es una de las cosas que deben definirse y coordinarse en la primera reunión de un proyecto BIM, para evitar estos problemas. 

Alternativas de solución:

1) Dejar el origen del archivo estructural como está, y simplemente alienarlo con el archivo de arquitectura usando la herramienta Alinear. Una vez insertado este archivo ya permanecerá alli. Cuando se necesite actualizarlo simplemente se recargará el archivo. El inconveniente es que ya no se podrá usar Origen a Origen entre estos dos archivos.

2) "Arreglar" el archivo estructural. Esto es más dificil, sobretodo si ya está avanzado el proyecto. Habría que mover los elementos de tal manera que la posición del punto de origen sea la misma en relación con el archivo arquitectónico. Después de hacer esto se podrá seguir usando Origen a Origen para vincular no solo estos dos sino otros modelos del proyecto.

Esto es un problema cuando no se definió desde un inicio un BEP o minimo un sistema de coordenadas, ahora lo que puedes hacer es cuando vincules tu archivo adquirir el sistema de coordenadas el cual hayan definido, dudo que tengan las coordenadas  geográficas así que solo será la decisión de ver quien es el que cede.Una vez que tomen la decisión en visibilidad de gráfico en site existe un elemento que aparece como project base point y survey point, tendrás que desvincularlos y en tu project base point poner las coordenadas del vínculo El buen @Anonymous Cessa hizo un video hace unos años explicando cómo moverlo.

Una vez que esté colocado en la coordenada correcta te recomiendo darle doble click a tu vínculo y en la ventana que te aparece colocar que deseas adquirir sus coordenadas para evitar futuros inconvenientes.

https://www.youtube.com/watch?v=osHpjAkqZc8