El detalle está en lo que tu comentas, es un archivo IFC, por lo cual no es un archivo nativo y tendrá ciertas limitantes, lo ideal sería que el compartir información y los clashes obtenido en formato BCF puedan ser utilizados con los archivos nativos, Revit no tiene el mejor lector de IFC y ese es uno de los problemas principales aun siendo un archivo exportado a IFC del mismo software tiene esos inconvenientes.
Podría mejorar un poco tu archivo si utilizas el plugin que viene en autodesk app para poder mantener los elementos en la categoría que le corresponde aunque obviamente te serviran mas para consulta que para modificación debido a que su origen no es nativo del mismo por que es una extensión diferente.