Hola estimado @Anonymous
Revisando tu archivo, encontré la deficiencia principal que te indicaré más abajo. Sin embargo, hay otra que es secundaria y puede que sea solamente por el cambio de versiones y que en tu caso esto no sea necesario de modificar: El ensamblaje se encuentra incorrecto. Si aumentamos la distancia de extensión a los laterales de canal, observamos la deficiencia:

Y tenemos lo siguiente, lo cual genera una muy mala superficie:

Realizando las modificaciones, tendríamos lo siguiente:

No es necesario que tengas signo negativo en el lado izquierdo, el programa identificará si es necesario corte o terraplén y actuará independientemente del signo.
ESTA ES LA PARTE IMPORTANTE:
LOS RADIOS QUE UTILIZASTE SON MUY PEQUEÑOS, TIENES CIENTOS DE ELLOS. Y ESTO ESTÁ AFECTANDO GRANDEMENTE A TU OBRA LINEAL.

Son tan pequeños los radios que en algunas curvas, los bordes de plataforma de canal se intersectan en dos progresivas distintas, lo cual genera una intersección deficiente y el programa no puede decidir cuál es la correcta porque hay una sobre-posición. ENTONCES, AL HABER SOBRE POSICIÓN no es posible añadir un CONTORNO. El problema que tienes en las secciones transversales es porque te falta un contorno y esto no podrá ser añadido hasta que modifiques los radios y se eliminen las intersecciones:

Debes aumentar los radios, este problema tienes en muchas curvas, y por lo tanto los extremos de la plataforma del canal se intersecta en varios puntos en distintas progresivas. Lo cual genera una superficie irregular y esto se manifiesta en las secciones transversales:

Hice la prueba con radios más grandes, con 15 metros y no tuve problemas. Sé que los radios tal vez los quieres pequeños, pero debes tomar en cuenta NECESARIAMENTE que eso ocasiona en algunos puntos las intersecciones no deseadas. Hazlo y se solucionará el problema. Espero te sea útil esta explicación.
Un saludo.
Van Miguel M.