Конечно есть. Это сделать очень просто. Выберите в меню File => Archive Scene, и сцена будет сохранена в архив в формате *.zip.
Вы также можете принудительно активировать параметр Include external files of unloaded references (см. картинку), вызываемый с помощью кнопки options (рядом с пунктом меню), тогда вообще все будет затянуто туда, куда надо.
Не забывайте, проверить пути к файлам их их доступность, это можно сделать с помощью File Path Editor, вызываемого в меню Windows => General Editors => File Path Editor (см. картинку)