Вы можете объединить все лицензии в 1 лиц. файл. Проблем нет.
Единственное исключение - если 2013 с подпиской. В этом случае (часть с подпиской, часть нет) иногда в регистрации единого файла бывает отказывают. Формально, использование в одном файле лицензий с подпиской и без не допускается.
Как вариант в этом случае - запрос временного файла (до срока окончания подписки) - но его выдача на усмотрении центра активации.
