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使用しているのは CTB ですか?
色従属の印刷スタイルテーブルでは 255色の インデックスカラーに対しての設定です。
モノクロにならない箇所は、TrueColor が割り当てられているのではないでしょうか?
まずは、オブジェクトの色が Bylayer なのかそうでないのか、
Bylayer であれば画層の色を確認してどうでしょう。
多数のオブジェクトに対して色プロパティの変更をおこなうのであれば、クイック選択コマンド(qselect)や データ変更コマンド(change)等を組み合わせての編集が個別に作業するよりは便利かと思います。
参考
印刷スタイルで設定したモノクロ印刷(白黒)が反映されない
http://tech.autodesk.jp/faq/faq/adsk_result_dd.asp?QA_ID=7012
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