Hi Eduardo... I suposse that you speaks spanish...
Sí es posible crear layers dentro de otras ya existentes.
Yo he tenido experiencias de ese tipo sin querer al soltar mis archivos sobre las carpetas equivocadas. No se si has probado, arrastrar tus archivos .shp y colocarlos sobre la carpeta: layers que ya tienes creada, y de esa manera automátizamente se crea la nueva layer dentro de ese grupo (la carpeta layers q marcaste al arrastrar).
Incluso se crean dentro de esa misma carpeta, los datafiles que corresponden a esas nuevas layers q estás creando...
No se, si es a este mecanismo al que te refieres...
Saludos, Mel.
Pd.: Talvés podría enviarte la misma explicación con algunas imágenes adjuntas a alguna dirección e-mail.