どのような作成手順で作成されてるかがわからないのでなんともいえませんけども、
単純にポリゴン編集モディファイアで１段階ベベルしただけとかであれば、確定してなければ
モディファイアをコピペして選択ポリゴンを代える事で別のところのポリゴンに同様の処理はできると思いますが、
普通にポリゴン編集モディファイアや編集可能ポリゴンオブジェクトのいろいろな機能を使って作業されたんであれば、同一オブジェクトの別ポリゴンに
同様な処理を自動で施すのは、ちょっと難しいのじゃないかと思います。
なぜ、インスタンスコピーが意図したものと違うかが分かりませんが、通常であれば配列で回転させながら
インスタンスコピーさせると思いますが、もし、同一オブジェクトで頂点共有させたいという理由であるなら
フリーのプラグインでcloneという移動や回転させながらクローンしてくれる物がありますので
例えば１６分割の球の一面から羽を作っていたなら、その羽のある１６分の１の列のみ残して削除したあと
cloneで16個、360/16度のステップでcloneした後、頂点共有モディファイアを乗せてやれば
意図したものになりそうな気はしますが。
http://www.itoosoft.com/freeplugins/clone.php
